Para custeio de suas atividades em 2016, a ANEEL estimou orçamento de R$ 200 milhões, entretanto o Governo aprovou a metade do valor: R$ 100 milhões. Por meio de emendas parlamentares para Ouvidoria e Fiscalização, o valor foi ampliado para R$ 120 milhões. O Decreto 8.670/16 reduziu o orçamento para R$ 90 milhões, e em abril, o Decreto 8.700/16 restringiu o orçamento da Agência a R$ 44 milhões.
A ANEEL foi informada no dia 10 de junho, pelo Ministério de Minas e Energia (MME), do descontingenciamento orçamentário para o custeio de suas atividades em 2016. Os recursos agora serão da ordem de R$ 120 milhões, valor aprovado em lei e do qual constam R$ 20 milhões de emendas parlamentares para Ouvidoria e Fiscalização.
